Jarang terungkap hal-hal misterius dan sebuah biara, namun kematian seorang biarawati di Rumania mendadak membuat petinggi Vatikan gelisah. Nyawa seorang biarawati melayang dengan cara yang tidak wajar dan misterius. Vatikan pun merespon permasalahan ini dan mengutus seseorang untuk menyelidikanya.
Dari Eropa Selatan, dikirimlah seorang pastor bernama Father Burke (Demián Bichir) untuk menyelidiki kematian biarawati tersebut. Satu per satu berbagai pecahan misteri coba diselidiki oleh Father Burke dan mengungkapkan kematian sang biarawati.
Father Burke pun dibuat kelelahan secara psikis karena ia harus mempertaruhkan mental dan jiwanya. Kejadian apa yang sebenarnya terjadi di Rumania? Bisakah ia mengungkap kematian misterius biarawati di Rumania?
Lalu, apa hubungan antara kejadian ini dengan sosok Sister Irene (Taissa Farmiga) yang tampil cukup mengesankan dalam trailer The Nun?
