Kenshin telah menetap di kehidupan barunya dengan Kaoru dan teman-temannya yang lain ketika dia didekati dengan permintaan dari pemerintah Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh bayaran seperti Kenshin, dikhianati, dibakar dan dibiarkan mati. Dia selamat, dan sekarang di Kyoto, berkomplot dengan prajuritnya yang berkumpul untuk menggulingkan pemerintah baru. Melawan keinginan Kaoru, Kenshin dengan enggan setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu menjaga negaranya agar tidak jatuh kembali ke perang saudara.
